然而风光的同时，《石器时代》的发展并非一帆风顺。《石器时代》首先遇到的威胁，就是后来被称为“网络游戏毒瘤”之一的外挂。由于《石器时代》程序设计上并不严谨，加之回合制的游戏本身节奏缓慢，游戏过程亦显得单调，因此俱备加速和自动练级的外挂应运而生。当时的华义国际尚在沉醉在《石器时代》大获成功的喜悦之中，并没有意识到外挂对游戏将会产生的危害，在外挂的问题上并没有做出即时的反应，以至于外挂迅速传播。
当华义发现游戏中外挂已如燎原之火的时候，《石器时代》已经到了一个“全民外挂”的境地。而更加令华义不能接受的是，这些寄生虫一般的外挂还有模有样地和自己的游戏一起收费。即使如此，由于游戏的源代码掌握在日本人的手中，华义面对这种情况几乎是束手无策。
被外挂步步紧逼的华义很快意识到，如果不把源代码掌握到自己手上，那么这款游戏很快就会被外挂侵蚀得体无完肤。2001年3月，华义毅然耗费巨资，把《石器时代》的源代码和完整版权从JSS手中买下。如此一来，华义就能自主针对中国市场上的情况对游戏进行必要的修改，而同时亦能按照自己的意愿开发游戏的后续版本。掌握了源代码的华义迅速对《石器时代》进行了大刀阔斧的修整，在其后续版本中，华义加速了游戏的节奏，开放了“双开”（即在一台PC上同时登陆两个ID，原来的版本中游戏对此进行了限制），而且不断在游戏当中整合自动练级等原本外挂的功能，在满足玩家游戏需求的同时，亦缩小了外挂的生存空间。
除了外挂问题之外，《石器时代》在运营方面亦遭遇不小的考验。由于其时网络游戏市场并未成熟，各大运营商亦只能亦步亦趋地摸索网游运营之道。2001年2月，华义规定了游戏的收费制度，由于这个制度和华义原来承诺的收费方式有颇多不同，引起了《石器时代》玩家的普遍不满，缺乏经验的华义并没有做出及时的反映（就像面对外挂的时候一样）。矛盾激化后，部分玩家开始向消协投诉。华义在意识到问题的严重性之后（实际上当时的消协尚未有任何关于网络游戏问题投诉的处理章程），采取了一系列的补救措施。在这次事件中，玩家的服务意识开始觉醒，而运营商亦从中得到成长。
需要特别提出的是：游戏运营商公开出售虚拟物品是由华义率先开其先河，当年令万千玩家疯狂的年兽包不知让多少经销商赚得盆满钵满，尽管将此类行为发扬广大到登峰造极地步的非《金庸群侠传网络版》莫属，但《石器时代》作为首开纪录者，必将永载史册。
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